浙江是传统的水运大省，拥有丰富的港口河道资源。2003 年7月，时任浙江省委书记习近平同志经过广泛深入地调查研究，提出了“八八战略”，推进以“五大百亿”工程主要内容的重点建设。“万里清水河道建设”成为“五大百亿”工程中的一个重要组成部分。2005年，浙江省政府发布了《浙江省内河航运发展规划》，规划形成“北网南线、双十千八”的骨干航道布局。京杭运河、湖嘉申线、长湖申线、杭甬运河等20条骨干航道总长1825km，均要进行整治和升级。浙江省的内河水运建设呈现井喷式发展态势。

在此形势下，公司提前布局，进军内河市场，培育新的经济增长点。2003年公司承建了第一个内河航道项目——杭湖锡线湖州段航道改造工程，航道长12.5km，航道等级由五级上升为四级，内容包括护岸修复和河道疏浚。工程于2003年2月20日开工，2004年10月20日完工，工程在保留原有文化风貌的基础上，融入生态护岸理念，改善沿线环境。该项目荣获公司第一个浙江省建设工程“钱江杯”奖。

工程的顺利完工赢得了良好的口碑，在内河市场迅速打开了局面。其后参与了杭甬运河、湖嘉申线、长湖申线、杭平申线、京杭运河等多条骨干航道的整治，20余年的时间从未有间断参与内河航道建设的脚步。

2005年公司承建的湖嘉申线湖州段航道建设工程，是浙江省首个三级航道。公司承担8.34km航道的整治任务，自2005年1月28日开工，至2007年6月30日完工。湖嘉申线的建设融入许多现代水运管理理念，拉开了浙江省高等级内河水运网品质工程建设的序幕。创新生态护岸：设引入了亲水性、透水性强的预制混凝土沉箱式护岸，既美观又便于水中小生物的吸附，有利于鱼虾的生存。降低全生命周期运营管理成本：将原计划重建的屺风大桥修改为“桥梁顶升”方案；对护岸进行设计调整，增强了护岸抵御船行波冲击力，降低后期的运营维修成本。落实全过程质量管理：新型材料的使用、“工程首件认证制”的推行等为全线35个主体单位工程质量创优提供样板。公司在施工过程中不满足于航运功能，而是用全生态的视角打造一条秀美的生态长廊。

该项目荣获国家优质工程奖。公司持续参与内河航运建设，在浙江形成干支通达、河海联运的水运网络建设中作出了重要贡献。