历经了疏浚市场的萧条，进入“九五”时期后，上航二公司的生产结构矛盾愈加突出，船舶结构的不合理严重制约着企业的发展。1997-1998年亚洲金融危机的爆发，对疏浚市场的回暖带来更大的冲击。但“危”中有“机”，如何在危机中迎难而上，成为上航二公司破茧成蝶的关键。当时企业发展面临巨大的困难挑战。

公司效益型船舶所占比例小，斗式挖泥船组高额的成本支出和效率低下状况已使企业不堪重负。航浚1003轮是公司的主力效益型船舶，但由于需要确保甬江航道的通航施工，无法全力以赴投入外埠工程。同时，船舶设备老化严重。截至1998年末，上航二公司共有各类船舶26艘，平均船龄20年，船舶新度系数仅为0.14。大批船舶使用年份已超过规定折旧年限上限。1999年因生产任务严重不足，船舶较长时间停工待命或检修，经济效益严重滑坡。此外，民营企业开始参与疏浚市场竞争。公司经过“八五”期不断地内部改革，虽然职工思想观念得到一定的转变，但深层次的管理还延续计划经济时代的模式。公司需要培养一支适应市场经济发展的人才队伍。市场竞争的残酷，使公司决策层清醒地认识到：如果不适时进行调整和改革，淘汰的日子转眼就到。要增强企业发展后劲，只能走以市场为导向，优化生产结构之路。

强烈的发展欲望驱使公司决策层痛下决心买船，以调整船舶结构配置来增强企业活力和提高市场竞争能力。针对企业无力建造新船的实际，经反复论证作出“购买国外二手疏浚船舶”作为生产结构调整的战略决策，随后多渠道寻求实现这一战略决策的机会。1997年，东南亚爆发金融危机，公司审时度势，紧紧抓住机遇，时任公司经理的蔡文学开始向海外多方征询购船信息，在上航局海外部的支持下，第一次到荷兰，考察小型耙吸船，因价格存在异议，没有达成协议。第二次得到马来西亚一家疏浚公司因金融危机破产而抵押小型耙吸船给当地银行的信息，经上航局马来西亚办事处了解共有三条船一起出售。机不可失，公司立即召开党政联席会议讨论研究，统一思想，作出决策。经理蔡文学和党委书记严常根迅速向上航局局长翁孟勇作了汇报，申请特事特办，得到上航局领导的大力支持后，迅速进入考察、可行性报告等诸多程序。经多次往返商务谈判，三艘船舶最终购船金额定为280万美金，公司通过银行贷款和企业余留利润等途径筹集购船资金，并承担一定的风险按照卖方要求先汇款后交船。

购船合同签订后,从马来西亚接船回国的过程也相当艰难。上航二公司组织了一个封舱调遣小组，时任副经理刘正刚带队，由吕德祚、丁海明、周国柱、戴自国、殷绍宁、范景松等当时公司最强的技术力量共计7人组成。由于对方公司破产，三艘船舶已在海上抛锚大半年，无人看管，船上设备拆得七零八落，三艘船上没有一台设备能发动起来，船体锈蚀严重，海水管漏水，航浚1006轮甚至已被逐月高潮推到沙滩最高点。封舱调遣小组于1998 年11月19日到达马来西亚，看到船况后决定动手自己干。在上航局马来西亚办事处的支持下，调遣小组买来汽油泵，抽干航浚1007 轮漏水的船体，找出堵漏材料仔仔细细地包扎好海水管，消除漏水现象。航浚1006轮从沙滩入海需要用拖轮拖带，并且等到每月一次的最高潮。调遣小组租用一艘800匹的拖轮，一直等到当天凌晨三点，并在交通船一起拖带的情况下才顺利下了水。整整一个月的时间，调遣小组每人每天拎着一个充电灯、两大瓶水、两个面包上船，直到天黑下船，把所有设备、船上备品备件捆扎固定好，所有舱盖、门窗、通气管烟囱密封好，基本具备了调遣条件。

因处理商务问题，船舶调遣延期到了次年。1999年5月16日，三艘自航耙吸挖泥船分别由两艘大马力拖轮从马来西亚调遣回国，6月1日全部安全抵达宁波镇海。至此，上航二公司在生产结构调整方面走出了关键一步。船舶抵甬之后，上航二公司迅速联系船厂进行坞修。四海公司承担航浚1008轮的维修，航浚1007轮由宁波新乐船厂承修，航浚1006轮由孔浦船舶修造厂承修。三条船分别由三个国家制造，船龄老化，其中航浚1006轮已是36年船龄的老船，航浚1007轮和航浚1008轮的船龄也分别已有 18年和16年，设备基本都要全部解体大修，船舶零配件、修理技术能力都存在很大困难。公司领导班子统一思想，发动干部职工修中学、学中干，投入极大的精力、人力、物力争取用最少资金最短时间完成修理任务，保证船舶投入生产。1999 年底前，三艘船舶陆续出厂投入生产，分赴长江口、九江、珠江等地施工。1999年是上航二公司历史上最为困难的一年，一方面因市场变化、船型结构严重不适应市场等原因导致效益滑坡，成为公司成立以来的唯一亏损年；另一方面购买三艘船舶导致负债剧增，财务费用大量增加，同时还要承担船舶的大修费用，现金流周转困难。但公司上下顶住压力，发扬艰苦奋斗的精神迎难而上，以长远发展为导向担当起调整生产结构的重任，解锁了新世纪发展的瓶颈。