1993年11月，党的十四届三中全会通过了《关于建立社会主义市场经济体制若干问题的决定》，提出在国有企业中进一步转换经营机制，建立现代企业制度的任务。该《决定》是我国在90年代进行经济体制改革的行动纲领。上海航道局开始为转制有限责任公司积极创造条件。

1994年8月26日，上航二处更名为交通部上海航道局第二工程公司，简称上航二公司。以公司制改造为起点，上航二公司开始学习和普及现代企业管理制度，积极从劳动用工、组织机构、考核模式等各方面深化改革，为转制有限责任公司打下基础。

1995年，上航二公司由原来的周44小时工作制改为周40小时工作制，即每周工作时间由五天半调整为五天，与国际工时制度接轨。同年，上航二公司划定小核算单位，进行船组承包试点，由航扬205 轮、航拖403轮、航驳1231、航驳1232等四艘船舶组成甬浚分公司，实行船组统一考核，优化施工现场的协调配合管理。《劳动法》于1995年1月1日起施行，上航二公司为该法律的落地实施做好调查研究、制定实施办法等各种准备。

1996年初，经过前期半年多的调查研究，上航二公司形成了《劳动合同制度实施办法》、《劳动合同范本》等系列文件，积极稳妥地推进全员劳动合同制，签订率达到100%，公司755名职工中700名签订了无固定期限合同。探索薪酬激励机制，将岗位工资的70%与生产任务挂钩考核，进一步激发职工的生产积极性。推行成本切块包干制，制定三项费用（修船费、燃料费、物料费）考核办法，通过限额包干年终一次性奖罚的方式，切实将成本控制真正落到实处。通过学习“华铜海”轮活动推动所属26艘船舶的达标升级工作，提升船舶管理水平。1997年在上航局统一部署下推行工资薪点制改革，改革工资标准，完善内部分配制度，体现了向中高级以上管理技术人员及一线艰苦岗位倾斜的原则，使在岗职工收入有较大幅度地提高。以ISO9000 质量标准建设为动力，对原有制度进行一次全面的梳理，推进各项管理工作上台阶。新增航绞1006轮，上航二公司通过合理缩减定编、鼓励内部劳务等多渠道，保证了主力船舶的配员。同时，开始为有限责任公司改制工作进行大量的宣传，使广大职工加深对国有企业改革的必要性、紧迫性的认识。

1998年，上航二公司成立体制改革和专项工作小组，在上航局体改小组的指导下，经过反复论证、数度调整，制定了公司改制方案，正式开始有限责任公司的改制工作。改制工作以市场为导向，按照公司法和其他有关法律法规，重新构造和完善企业的决策体制和监督体制，以“职责明确、结构合理、人员精干、权责对等”原则设置机构，形成了股东会、董事、监事及经理层的管理体制，有限责任公司转制取得实质性进展。1999年，上航二公司进行了工商变更等工作，公司更名为上海航道局第二工程公司。重点推出机关机构改革、职工下岗管理和推进再就业工程、船舶新定员标准三项改革，以推进公司化改制的进一步落地。

在完成公司化改制的同时，上航二公司克服极大的困难对生产结构进行调整，引进三艘自航耙吸船。管理和生产齐头并进，为公司进入21世纪的发展注入强劲的动力。