90年代初，上航二处经营面临困境。“七五”“八五”期间，由于国家进行治理整顿，大规模压缩基建规模，疏浚市场竞争激烈，经营相对困难。1989年起，因社会配套改革拉动了国家燃油、物价、税费和职工交通等福利费用的调整，导致船舶修理费用和人工、行政支出大幅上涨，企业的成本不断上升。1992年6月，党中央、国务院发出《关于加快发展第三产业的决定》，上航局立即召开多种经营工作会议和经济活动分析会，研究部署发展第三产业。在国家和上级大力倡导及政策扶持下，1993年，上航二处正式提出了“主业精、副业兴”的经营方针，在国内外疏浚市场总体不景气的形势下，抓住时机，转变观念，探索以副养主的经营路子，拓展多种经营新局面。

上航二处除了疏浚、吹填等主营业务，在 90 年代以前就开展多种经营，发展第三产业，主要涉及物资中转、工程测量、船舶及设备修理、职工培训等领域，成立了中转站、航修站、勘测队、职工学校。进入90年代，上航二公司自身转换经营机制的同时，积极引导下属三产企业解放思想、自主经营。为使多种经营更好地适应市场经济，在原有第三产业的基础上，先后成立了宁波市浚港物资储运经营公司、宁波市江北四海船舶修造公司、宁波浚港船舶机电器材备件中心、宁波镇海浚港工贸公司、宁波保税区浚航发展公司、宁波上航测绘有限公司等六家全资子公司，全面推行自主经营、自负盈亏，形成了多元化经营的格局。进入“九五”期后，随着上航局大经营战略的提出，上航二公司对多种经营也开始调整格局，优化资源配置，对部分产业进行整合。其中职工学校于1997年正式取消；宁波镇海浚港工贸公司并入宁波保税区浚航发展公司，2000 年以后撤销宁波保税区浚航发展公司，人员并入宁波上航测绘有限公司。

宁波市浚港物资储运经营公司的前身为中转站，是上航二公司多种经营中的主要业务，因拥有码头、岸线和货物堆场，所以集散均宜的优势明显，水陆中转方便；拥有自己的码头装卸设备和作业队伍，所以中转速度快、随到随卸。浚港储运公司充分利用孔浦基地的综合优势，发展钢材、砂煤等多种货物的水陆输运。

宁波市江北四海船舶修造公司的前身为航修站，主要服务于主业船舶的维修和保养。1997 年上航二公司新增航绞 1006 轮的维修、1999 年新进航浚1008 轮的维修，四海公司均出色地完成任务，使船舶尽快投入生产。宁波上航测绘有限公司的前身为勘测队。1994 年，上航二公司对勘测队进行改制，成立测绘分公司，利用技协的牌子开始对外从事测绘经营。1997年1月，测绘分公司被改制为有限责任公司，正式工商注册成立，拥有工程测量和海洋测绘乙级资质。在服务好主业的基础上，充分利用现有资质和水上测量的优势，跨地域承接测量项目，同时尝试与科研机构、学校等合作投标的办法，积极参与市场竞争。先后承接甬江大桥轴线测量、110KM 的奉化江姚江水下地形测量、甬江水底隧道变形观察、宁波大桥东引桥轴线测量等较高难度的测量项目，测绘设备和技术在市场竞争中逐步更新和提升，为后续的发展打下坚实的基础。

上航二公司多元化经营在改革发展中承担了重要的责任，一是对企业资源的综合开发利用，充分发挥了孔浦基地的地理优势以及工程测量的经验和技术优势，推进多种经营的持续发展；二是消化了冗员，有利于发挥下岗人员的技术和劳务优势，推动劳动用工制度的改革；三是在疏浚市场不景气的形势下分散企业的经营风险，创造了较好的经济效益，为企业的发展作出了不可磨灭的贡献。