90年代初，上航二处经营面临困境。“七五”“八五”期间，由于国家进行治理整顿，大规模压缩基建规模，疏浚市场竞争激烈，经营相对困难。1989年起，因社会配套改革拉动了国家燃油、物价、税费和职工交通等福利费用的调整，导致船舶修理费用和人工、行政支出大幅上涨，企业的成本不断上升。

企业设备结构配置不合理。1990年底27艘工程船舶中，航浚1003轮一艘船舶创造的年产值占据60%以上，而斗式挖泥船生产任务不足。老旧和效率低的船舶类型已不适应市场需求，阻碍了企业效益的增长，并且成为企业的负担，而更新设备则会面临资金等重大困难。同时，1984年“事改企”之后，随着内部承包制的推行，“转换经营机制，深化内部改革”正逐步形成社会大气候，职工对改革的心理准备和承受能力在增强，但思想认识尚未完全到位，思想碰撞剧烈。在此形势下，1992年初，邓小平发表“南巡”重要讲话，把改革开放和现代化建设推向新的阶段。 社会主义市场经济理论的提出，给经济发展注入活力。1992年7月23日国务院颁布第103号令《全民所有制工业企业转换经营机制条例》，将国有企业改革推向实质性的经营机制变革阶段。1993年初，交通部、国家体改委、国务院经贸办联合颁发了《全民所有制交通企业转换经营机制实施办法》，为交通部所属企业的改革明确了方向，提供了法律依据和保障。

《实施办法》的出台加快了上航局的改革步伐，1993年9月上航局提出了企业转换经营机制的原则性意见，试行“4+2”转制方案。上航二处等四家企业在局内率先成为依法自主经营、自负盈亏、自我发展、自我约束的商品生产者和经营单位，成为独立享有民事权利和承担民事义务的企业法人。成为“四自”企业之后，上航二处获得了经营自主权，并在资金支配、上缴所得税率、企业利润留成、管理费上缴等方面获得了优惠政策；同时，也承担了自主经营、自负盈亏的主体责任。从享受国家补贴到完全自食其力，从旱涝保收到自负盈亏，企业需要面对疏浚市场不足导致的生产任务不足、船型落后和设备老化对生产能力的制约、管理层人员适应独立后新形势的能力素质等问题。上航二处开始主动参与市场竞争，积极筹划企业发展之路，以建设“四自”企业和提高经济效益为目标，推进用工制度、分配制度、财务会计制度、经营管理等各项改革，逐步融入社会主义市场经济的发展。

此次经营机制的转换，对职工思想观念是一次巨大的冲击和挑战。经历了独立自主经营意识、市场观念、效益观念的培育过程和承受了改革的阵痛之后，干部职工变压力为动力，在疏浚市场的竞争环境中开始适应和成熟起来。上航二处的经营活力大大增强，各项工作在局内四个疏浚单位中始终保持领先地位。